Мы не нагревали снаряд, а разгоняли его магнитным полем (допустим)
Магнитным полем разгоняют в гауссовке. На рельсе - через снаряд пропускают ток и разгоняют его силой Лоренца.
Но и в гауссовке в снаряде возникают индукционные токи, которые все равно будут его греть.

Но это не принципиально, потому что чем ни разгоняй снаряд, хоть пинками, хоть дуй на него - все равно часть приложенной к нему энергии перейдёт в тепловую. КПД сто процентов в природе не существует, а в кинетических орудиях - тем более.

А при такой встречной скорости его обычная пыль разнесет на куски так же, как он разнес бы корабль.
И что? Ударит он в вас сотней кусков, а не монолитным телом. При такой скорости это важно?
Поймите, тут непринципиально, в каком виде он долетит, кинетическая энергия от этого не изменится.