Ну, скажем, защищают они совсем не от всякой радиации, а только от заряженных частиц - да и практическое воплощение данного принципа хромает - ибо я не помню ни одного аппарата использовавшего подобную защиту - да и марсианский корабль в проекте имеет для защиты от вспышек убежище из толстых стен, а вовсе не эффекторы ЭМ-поля.

Поэтому я бы вообще отошел от этой идеи.
1. Считаем, что выхлоп двигателей не опасен для корабля - имеющего, заметим, броню, рассчитанную на прямое попадание тераватных лазеров и кинетических болванок.
2. Старт истребителей проще реализовать катапультой - хотя бы по принципу автоматного магазина - выбрасывающего нагрузку достаточно далеко от корабля и дальше действующие автономно - вполне красиво, кстати.
3. Посадка аппаратов не потерявших управление проще осуществлять в большой открытый ангар - причем куда попало, оттуда их растащит в свои лифты команда техников с тягачами.
4. Посадка (вернее - прилет) неуправляемого железа я бы лично ловил серией тупых сеток или вообще - надувных подушек, вроде автомобильных - главное - погасить остатки скорости - а дальше - по той же программе.

Главное - не поручать нестандартную работу автоматам. Иначе можем получить кабину, раздавленную как яйцо промахнувшимся (или не нашедшим своих упоров) финиш-захватом.

На мой взгляд - простое решение - лучшее.